Oprindeligt fungerede øen Dejima som et sted for de portugisiske sømænd. Den isolation, som en ø giver mulighed for, skulle forhindre udbredelsen af kristendommen i Japan. I de senere år fungerede Dejima som en udenrigshandelspost for Nederlandene og en port til Vesten. Øen giver de besøgende en fantastisk følelse af at rejse tilbage i tiden og opleve historien på egen hånd. Selv om Dejima ikke længere eksisterer i sin funktion som handelspost, er den blevet omhyggeligt restaureret i de seneste år. Mange af de oprindelige bygninger fra det 19. århundrede er blevet genopbygget, herunder boliger, butikker og pakhuse.
